การตัดสินใจในองค์กรไม่แสวงหาผลกำไรอาจมีความซับซ้อนเนื่องจากผู้มีส่วนได้ส่วนเสียที่เกี่ยวข้องกับองค์กรจำนวนมาก คณะกรรมการจะประชุมกันเป็นระยะเพื่อตรวจสอบการเงินขององค์กรและให้คำแนะนำด้านการบริหารแก่เจ้าหน้าที่ขององค์กร ในองค์กรขนาดเล็ก บทบาทการบริหารของผู้อำนวยการ ศูนย์ อาสาสมัครอื่นๆ และพนักงานที่ได้รับค่าจ้างจะไม่ชัดเจน เนื่องจากอาสาสมัครทำงานธุรการจำนวนมาก ในทางอ้อม ผู้ให้ทุนยังมีส่วนร่วมในการตัดสินใจเนื่องจากองค์กรไม่แสวงหาผลกำไรทำงานร่วมกับมูลนิธิ รัฐบาล และบุคคลทั่วไปเพื่อกำหนดโครงการในอนาคตที่ทั้งเหมาะสมกับวัตถุประสงค์ที่ตั้งใจไว้ขององค์กรและดึงดูดรายได้