ร้องเพลงและคณะ มีลักษณะเฉพาะของการเลือกมะตูมที่แตกต่างกันภายใต้สภาพแวดล้อมกึ่งแห้งแล้งกึ่งแห้งแล้งของอินเดียตะวันตก พวกเขารายงานระดับความแปรผันที่สูงขึ้นในลักษณะของพืช การสืบพันธุ์ ผลผลิต และพฤกษเคมี จีโนไทป์ของมะตูม 14 ชนิดมีลักษณะเฉพาะในบังกลาเทศ และ 4 สายพันธุ์ถูกระบุว่าเป็นจีโนไทป์ที่เหนือกว่า  แม้ว่าจะมีการสังเกตความแปรผันทางสัณฐานวิทยาของมะตูมในศรีลังกา แต่ไม่มีการศึกษาอย่างเป็นระบบเพื่อระบุลักษณะเชื้อพันธุกรรมทั้งหมดภายในประเทศ ไบเออร์และคณะ ได้ทำการศึกษาสายวิวัฒนาการระดับโมเลกุลสำหรับวงศ์ย่อยของมะตูม Aurantodeae ของตระกูล Rutaceae โดยใช้ลำดับดีเอ็นเอของคลอโรพลาสต์ และระบุว่ามะตูมเป็นกลุ่มโมโนไฟเลติก มะตูม ตั้งอยู่ห่างไกลจากกลุ่ม Citrus อย่างมาก ซึ่งประกอบด้วยพันธุ์ส้มที่รู้จักเป็นส่วนใหญ่ การค้นพบนี้สอดคล้องกับข้ออนุมานของสวิงเกิลและรีซ โดยที่มะตูมถือเป็นกลุ่มผลมะตูม อย่างไรก็ตาม ตัวอย่างที่ศึกษาในขณะนั้นได้มาจากคอลเลกชันเชื้อพันธุกรรมภายนอก และดูเหมือนว่าไม่มีตัวอย่างจากศรีลังกา ภัทรานา และคณะ ได้ประมาณไว้ว่า A. marmelos มีวิวัฒนาการที่เกี่ยวข้องกับสกุลAfraaegle ของแอฟริกา โดยอ้างว่าสกุล AfraaegleAegleน่าจะได้รับการพัฒนาในแอฟริกาและต่อมาได้เผยแพร่ไปยังเอเชียใต้